San Zeno die Montagna liegt an einen Panoramalage mit Blick auf die Veronesen Küste des hohen Gardasees.
Der Präsenz nomadischer Jäger in der Gegend von San Zeno geht auf das Paläolithikum zurück, aber die ersten stabilen Siedlungen stammen aus Neolithikum.
Die Römer kamen im ersten Jahrhundert v. Christ in das Gebiet, die Grabstätten, die Urnen und die gefundenen Dachziegel bezeugen dies.
Das Gebiet gehörte seit dem Langobarden Zeit zum Hof des Klosters San Colombano das Priorat von Bardolino, untersteht zum großen Lehen des Klosters San Colombano di Bobbio (PC). Die Mönche evangelisierten das Gebiet, indem sie die Ausweitung des Handels, der Landwirtschaft, (vor allem Wein und Olivenbaum), des Fischereisystems und der Kultur begünstigen, indem sie wichtige Innovationen einführte und Handelswege eröffneten.
Zwischen 1797 und 1814 wurde San Zeno di Montagna Teil der napoleonischen Herrschaft, aber nach der französischen Niederlage ging das Gebiet an Osterreich bis 1866 (dritter Unabhängigkeit Krieg) über.